為保衛東印度群島殖民地而改裝的商船
隨著米格爾·洛佩斯·德萊加斯皮征服並組織菲律賓群島，西班牙在東印度群島的殖民帝國及其跨洋貿易的歷史由此展開。自1573年兩艘首批大帆船滿載東方異國商品橫渡太平洋以來，馬尼拉港便成為中國與墨西哥之間的商業中轉站。
聖地牙哥號原是一艘商船，可能負責在該地區執行商業任務。而在西班牙與英格蘭持續交戰（荷蘭支持後者）之際，荷蘭人奧利弗·范·諾特於1598年8月12日——即西班牙國王腓力二世去世前兩天——率領四艘船組成的艦隊從鹿特丹出發。經歷重重困難後，他於1600年10月16日抵達菲律賓。
福爾圖納島海戰
聖地牙哥號與聖巴托洛梅號快艇（均由馬尼拉法庭庭長兼總督副手安東尼奧·德·莫爾加指揮）在甲米地港（呂宋島）匆忙武裝並配備（前者裝載十門大砲及四百名西班牙、菲律賓和日本士兵）後，於12月12日出海迎敵，兩天後在福爾圖納島附近遭遇敵艦。諾特同樣擁有兩艘船隻:270噸的旗艦「毛里求斯號」與50噸的「和諧號」。
儘管吃水線遭受砲擊，聖地牙哥號仍以絕望之勢接舷荷蘭旗艦。船員成功跳上敵艦甲板，當西班牙人奪取荷蘭旗幟時，敵艦突然起火。安東尼奧·德·莫爾加下令切斷纜繩分離船隻，以為荷蘭船將被火焰吞噬，但嚴重損毀的聖地牙哥號不可避免地沉沒，150人隨之葬身海底。毛里求斯號撲滅船上火勢後得以逃脫。
「和諧號」則被追擊的聖巴托洛梅號俘獲（後者未能救援聖地牙哥號），其船長最終在馬尼拉被處決。
聖地牙哥號的技術參數
該船確切來源未知，但根據船體殘骸唯一確鑿數據——底部龍骨長23.73米（即41.26岸碼）可斷定為大型貨船。若按西班牙造船「一二三」法則並根據加西亞·德·帕拉西奧（1587年）標準修正，可推算出該船全長35.3米、寬11米、高5.6米，噸位達645噸（現代換算約893噸）。
沉船搜尋
研究團隊耗時三年多，查閱塞維利亞、馬德里、阿姆斯特丹和梵蒂岡的西印度檔案館文獻，最終鎖定聖地牙哥號殘骸線索。
1991年，通過潛水探勘技術，法國水下考古學家弗蘭克·戈迪奧率領團隊在福爾圖納島附近海床經密集搜索後，於52米深處發現沉船遺跡。科學打撈始於1992年1月，由法國ELF基金會與戈迪奧共同資助，菲律賓國立博物館考古學家（館長加布里埃爾·卡薩爾神父監督）對文物提取進行嚴格記錄。工作持續至1993年4月15日。
水下考古發掘工作
水下發掘以紅色大型浮標標記聖地牙哥號確切位置。支援設備包括配備核磁共振磁力儀的考古研究雙體船。參與打撈的船隻包括:帶大型工作平台的拖船「凱米洛亞號」、15米小型拖船「奧薩姆服務號」、貨船「起重號」及雙人迷你潛艇「斯莫爾號」。
潛水團隊由歐洲水下考古研究所人員、兩名領隊及十四名專業潛水員組成，另配備考古學家、醫護、攝影師、廚師及各船船員。
聖地牙哥號潛水作業
初期潛水自然以勘測為主，首先發現長25米、寬8米、高3米的殘骸堆。船體朝西散落於海丘，兩具巨型船錨標示船首位置。前期工作包括調試潛水設備及安裝升降鐘。
該系統通過兩根氧氣管連接水面，可同時輸送兩名潛水員並控制減壓等級。兩台壓縮機維持氧氣儲備，減壓艙隨時待命應急。
潛水員分兩組:一組使用氣泡系統，另一組配備自攜設備。為自攜潛水員鋪設多條氧氣管線以執行減壓停留。18名潛水員兩人一組輪換作業，確保海底工作（每次不超40分鐘）無間斷。
海底作業後，潛水員平均需進行約一小時分層減壓停留才能上浮。正如發掘總監弗蘭克·戈迪奧所述:「團隊配合如精心編排的芭蕾，水面領隊嚴密監控潛水時長，確保供氣與海底通訊無虞。」
海底作業使用水力提取器、真空裝置及鉛配重容器收納文物。各色容器對應1x1米工作區（即潛水員40分鐘最大挖掘範圍）。除兩名潛水員遭蠍魚刺傷及被佔據陶甕為巢的海鰻騷擾外，全程幾無意外。
考古發現與探險成果
聖地牙哥號的發現從航海、軍備、航海科學儀器及見證亞際貿易與船上生活的無數器物等層面均具重大意義。近4,000件考古珍品價值無可估量。
軍備方面，青銅砲、蛇砲、日製武器極其獨特，另發現兩頂莫里恩頭盔、大量各口徑彈丸及火槍子彈。根據1601年7月12日貨單記載的14門船砲均全數打撈。
珍稀航海儀器如星盤與天文環亦重見天日。
生活器物包括燭剪、燭台、墨西哥盤盞、穆拉諾玻璃杯、銀製餐具殘件與腰帶扣。出土錢幣流通於腓力二世（1556-1598）末年至腓力三世（1598-1621）初期，多為墨西哥鑄造的8、4、2、1里亞爾，含少量波托西幣及半島錢幣。
貨艙主要裝載800件東南亞粗陶甕（多數容量350升），用於運輸醃貨、蔬菜，亦盛裝火藥、硫磺與淡水。
這些陶甕為研究船員飲食提供關鍵線索。另發現西班牙雙耳陶罐（原裝橄欖），亦用於儲存酒類、蜜餞、船用焦油，以及在馬尼拉-阿卡普爾科航線運輸珍貴胭脂蟲染料。
打撈的宋明時期青花瓷是聖地牙哥號最具價值的文物——它們正是馬尼拉-阿卡普爾科航線輸歐的主要貿易品。歐洲直至18世紀發現高嶺土才掌握瓷器製作秘技，16世紀所有瓷器均需從中國進口。
這些保存完好的器物包括盤、碟、瓶、碗、匣，曾被腓力二世等君王珍藏。
